রোহিংগা সমস্যার মূল কারণ হল সংখ্যালঘু গোষ্ঠীর সামাজিক ও রাজনৈতিক অধিকার ও পরিচয়ের বিষয়। রাখাইন অঙ্গরাজ্যের রোহিংগা মুসলিম জনগোষ্ঠী প্রায় একশ বছর ধরে মিয়ানমারের সন্দিগ্ধ বসবাসিদের মতো চিহ্নিত হয়ে আসছে। গণতন্ত্র প্রতিষ্ঠার পর থেকে তাদের নাগরিকত্ব ও বেসরকারি অধিকার সম্পর্কে বারবার বিতর্ক উঠেছে। মিয়ানমারের বৌদ্ধ বৃহত্তর জনগোষ্ঠী রোহিংগাদের বাংলাদেশ থেকে অবৈধভাবে প্রবেশকারী মনে করে, যার ফলে তাদের প্রতি বিদ্বেষ ও সন্দেহ বৃদ্ধি পেয়েছে।
১৯৮২ সালে মিয়ানমারের নাগরিকত্ব আইন দিয়ে রোহিংগাদের স্বীকৃতি বাতিল করা হয়েছে, যা তাদের স্থানীয় অধিকার ও সুরক্ষার অবস্থার ব্যাপকভাবে খারাপ করে তুলেছে। এই আইনের ফলে রোহিংগারা নাগরিকত্ব, চাকুরি, শিক্ষা ও স্বাস্থ্যসেবা প্রাপ্তির ক্ষেত্রে অনেক সীমাবদ্ধতার মোকাবেলা করতে বাধ্য হয়েছে। এছাড়াও, রাখাইন অঙ্গরাজ্যে বৌদ্ধ জনগোষ্ঠীর সাথে সামাজিক টিন্টা বাড়াতে চলেছে, যেটা সাম্প্রদায়িক সহিংসতার কারণ হয়ে উঠেছে। এই সহিংসতা ও নির্যাতনের ফলে বেশিরভাগ রোহিংগা পরিবার বাংলাদেশে আশ্রয় প্রার্থী হিসেবে পালিয়ে এসেছে।
সাম্প্রদায়িক সংঘর্ষের পাশাপাশি, সরকারি নীতিমালা ও প্রশাসনিক সিদ্ধান্তও রোহিংগা সমস্যার একটি গুরুত্বপূর্ণ অংশ। মিয়ানমারের সরকার রোহিংগাদের প্রতি ব্যাপকভাবে অন্যায় আচরণ করে এসেছে, যা প্রধানত তাদের ধর্মীয় ও সাংস্কৃতিক পরিচয়ের বিরুদ্ধে দৃষ্টিভঙ্গি প্রকাশ করে। এছাড়াও, আন্তর্জাতিক সমাজের মনোনিবেশ ও অবসর সম্পর্কিত বিষয়ে মিয়ানমারের সরকারের প্রতিক্রিয়াও এই সমস্যার জটিলতা বাড়িয়ে তুলেছে। রোহিংগা সমস্যার সমাধানের জন্য আন্তর্জাতিক সম্মতিতে একটি সহযোগিতা ও বৈচারিক দৃষ্টিভঙ্গির প্রয়োজন আছে।